यूवी सिस्टम का अर्थशास्त्र निम्नलिखित कारकों द्वारा निर्धारित किया जाता है: उपकरण लागत और जीवन; विद्युत दक्षता; ऑपरेशन के दौरान नसबंदी प्रभाव में कमी की डिग्री; बिजली की लागत, आदि। पराबैंगनी कीटाणुशोधन प्रणाली का आर्थिक विश्लेषण अभी तक किसी निष्कर्ष पर नहीं पहुंचा है । विभिन्न निष्कर्षों के साथ कई विश्लेषण रिपोर्ट हैं। इसमें राय है कि पराबैंगनी कीटाणुशोधन उपकरण बहुत अधिक बिजली की खपत करता है, और उपकरणों के रखरखाव और लागत अधिक होती है। बड़ी प्रणालियों के लिए, उपकरण निवेश ओजोन प्रणाली की तुलना में अधिक है, और परिचालन लागत ओजोन के समान है; लेकिन शुद्ध जल उत्पादन की छोटी प्रणाली के लिए, निवेश ओजोन उपकरण की तुलना में कम है । इस बात पर भी राय है कि हजारों टन/दिन या उससे अधिक के उपचार के पैमानों के लिए यूवी कीटाणुशोधन प्रणाली का निवेश और परिचालन लागत बहुत लाभप्रद है, जो क्लोरीनेशन और ओजोन कीटाणुशोधन की लागत से काफी कम है । उदाहरण के लिए, विश्लेषणात्मक डेटा रिपोर्ट हैं कि 10 से 25,000 की आबादी वाले एक छोटे से पेयजल उपचार संयंत्र का निर्माण करते समय, पराबैंगनी, क्लोरीन डाइऑक्साइड और ओजोन कीटाणुशोधन लागत का अनुमानित अनुपात 1:4: (8-9), 500,000 सामाजिक संगठनों की तुलना में अधिक आबादी के लिए है, लागत अनुपात लगभग 1:2.5:2.5 है।
इन लागत अनुमानों में गैर-यूवी कीटाणुशोधन प्रक्रियाओं का उपयोग करते समय कीटाणुशोधन द्वारा उत्पादों और क्रिप्टोस्पोरिडियम अल्सर को हटाने की अतिरिक्त लागत शामिल नहीं है। इसके अलावा, विश्लेषण डेटा से पता चलता है कि पराबैंगनी कीटाणुशोधन के निवेश और परिचालन लागत क्लोरीन कीटाणुशोधन की तुलना में कम हैं, और कीटाणुशोधन लागत क्लोरीन की तुलना में लगभग आधी है, लेकिन जल उपचार पैमाने के विस्तार के साथ अंतर कम हो जाता है।
फ्रांस और पूर्व सोवियत संघ में, पराबैंगनी कीटाणुशोधन छोटे उपकरणों तक ही सीमित था। स्थापित बड़े उपकरण फ़िल्टर किए गए पानी के मुख्य में श्रृंखला में पराबैंगनी लैंप स्थापित करना था। संयुक्त राज्य अमेरिका में, पराबैंगनी कीटाणुशोधन भी छोटे उपकरणों और स्विमिंग पूल तक सीमित है, और अक्सर अन्य कीटाणुनाशकों के साथ संयुक्त होता है। हालांकि, व्यावहारिक अनुप्रयोगों में यह बताया गया है कि पराबैंगनी कीटाणुशोधन का उपयोग करने वाले पेयजल संयंत्रों का पैमाना प्रति दिन १,५००,० टन से अधिक हो गया है ।